Centro de Tratamento Biológico é a unidade industrial que faz a recuperação da fração orgânica dos resíduos para a produção de corretivo orgânico a partir quer da matéria orgânica recuperada dos resíduos sólidos urbanos no Centro de Pré-Tratamento Mecânico, quer de resíduos orgânicos provenientes da recolha seletiva (porta a porta e grandes produtores).
Resulta daqui ainda a produção de material estruturante a partir de resíduos de biomassa florestal. A recuperação de biogás produzido para a produção de energia elétrica através do grupo moto gerador já existente no Ecoparque de São Miguel, a qual será injetada na rede de serviço público.
Esta terá uma capacidade nominal de tratamento de 12.000 toneladas por ano de material orgânico, sendo que primeiro ano está estimado no primeiro ano 8.000 toneladas recuperadas do Centro de Tratamento Mecânico e 4.000 toneladas de resíduos orgânicos provenientes da recolha seletiva. A sua construção está para breve.
